Nguyên liệu chính làm tương ớt Mường Khương là loại ớt thóc nổi tiếng của Lào Cai. Những đồi ớt phủ lên đồi núi sắc đỏ rực rỡ, mùa thu hái từ tháng 5 đến tháng 10. Điều kiện khí hậu khắc nghiệt vùng cao và những đồi đất dốc tạo nên hương vị đậm đà, mùi thơm và chất cay, nồng khó lẫn của loại ớt này.
Ớt nguyên liệu đạt chuẩn phải là loại ớt thóc chín, không lấy quả xanh, quả héo. Quả thối phải nhặt bỏ cẩn thận vì nếu lẫn vào hỗn hợp sẽ dễ làm hỏng cả mẻ tương. Ớt được cắt bỏ cuống, rửa sạch và để ráo nước rồi mới đem chế biến.